在HCV急性感染期，在血浆或血清中的病毒基因组水平可达到10^5～10&7拷贝/ml。在HCV慢性感染者中，HCV RNA水平在不同个体之间存在很大差异，变化范围在5 10^4～5 10^6拷贝/ml之间，但同一名患者的血液中HCV RNA水平相对稳定。
1. HCV-RNA定性检测：对抗-HCV阳性的HCV持续感染者，需要通过HCV RNA定性试验确证。HCV RNA定性检测的特异度在98%以上，只要一次病毒定性检测为阳性，即可确证HCV感染，但一次检测阴性并不能完全排除HCV感染，应重复检查。
2. HCV-RNA定量检测：定量聚合酶链反应（qPCR）、分枝DNA（bDNA）、实时荧光定量PCR法均可检测HCV-RNA病毒载量。国外HCV-RNA定量检测试剂盒有PCR扩增的Cobas V2.0、SuperQuant、LCx HCV-RNA定量分析法等，但bDNA的Versant HCV-RNA 2.0和3.0定量分析法应用较为广泛。国内的实时荧光定量PCR法已获得国家食品药品监督管理局（SFDA）的正式批准。不同HCV RNA定量检测法可用拷贝/ml和IU/ml两种表示方法，两者之间进行换算时，应采用不同检测方法的换算公式，如罗氏公司Cobas V2.0的IU/ml与美国国立遗传学研究所的SuperQuant拷贝数/ml换算公式是：IU/ml＝0.854 拷贝数/ml+0.538。
HCV病毒载量的高低与疾病的严重程度和疾病的进展并无绝对相关性，但可作为抗病毒疗效评估的观察指标。在HCV RNA检测中，应注意可能存在假阳性和假阴性结果。
（四）HCV基因分型
HCV-RNA基因分型方法较多，国内外在抗病毒疗效考核研究中，应用Simmonds等1～6型分型法最为广泛。HCV-RNA基因分型结果有助于判定治疗的难易程度及制定抗病毒治疗的个体化方案。
慢性丙型肝炎治疗方案
治疗前应进行HCV RNA基因分型 (1型和非1型)和血中HCV-RNA定量，以决定抗病毒治疗的疗程和利巴韦林的剂量。
（一）HCV-RNA基因为1型，或(和)HCV RNA定量≥2 10^6拷贝/ml者，可选用下列方案之一：
1．PEG-IFNα联合利巴韦林治疗方案：PEG-IFNα-2a 180μg，每周1次皮下注射，联合口服利巴韦林1000mg/d，至12周时检测HCV RNA：(1)如HCV RNA下降幅度<2个对数级，则考虑停药；(2)如HCV RNA定性检测为阴转，或低于定量法的最低检测限，继续治疗至48周；(3)如HCV RNA未转阴，但下降≥2个对数级，则继续治疗到24周。如24周时HCV RNA转阴，可继续治疗到48周；如果24周时仍未转阴，则停药观察。
2．普通IFNα联合利巴韦林治疗方案：IFNα 3～5MU，隔日1次肌肉或皮下注射，联合口服利巴韦林1000mg/d，建议治疗48周。
3. 不能耐受利巴韦林不良反应者的治疗方案：可单用普通IFNα、复合IFN或PEG-IFN，方法同上。
（二）HCV-RNA基因为非1型，或(和)HCV RNA定量<2 10^6拷贝/ml者，可采用以下治疗方案之一：
1. PEG-IFNα联合利巴韦林治疗方案：PEG-IFNα-2a 180μg，每周1次皮下注射，联合应用利巴韦林800mg/d，治疗24周。
2．普通IFNα联合利巴韦林治疗方案：IFNα 3MU每周3次肌肉或皮下注射，联合应用利巴韦林800～1000mg/d，治疗24～48周。
3. 不能耐受利巴韦林不良反应者的治疗方案：可单用普通IFNα或PEG-IFNα。
注: (1)国外文献报道，PEG-IFNα-2b（1.0～1.5μg/kg）与PEG-IFNα-2a（180μg）每周1次皮下注射，联合利巴韦林口服48周，两种方法治疗丙型肝炎的SVR率相似，前者在我国也即将被批准上市；(2)在采用普通IFNα治疗时，有人采用所谓“诱导疗法”，即每天肌肉注射IFNα 3～5MU，连续15～30d，然后改为每周3次。国外研究表明，患者对这一方案的耐受性降低，且能否提高疗效尚不肯定；(3)利巴韦林用量参考：体重>85kg者，1200mg/d；65～85kg者1000mg/d；<65kg者，800mg/d。有文献报道，利巴韦林的有效剂量为>10.6mg/kg体重。
（三）对于治疗后复发或无应答患者的治疗
对于初次单用IFNα治疗后复发的患者，采用PEG-IFNα-2a或普通IFNα联合利巴韦林再次治疗，可获得较高SVR率(47%，60%)；对于初次单用IFNα无应答的患者，采用普通IFNα或PEG-IFNα-2a联合利巴韦林再次治疗，其SVR率较低（分别为12%～15%和34%～40%）。对于初次应用普通IFNα和利巴韦林联合疗法无应答或复发的患者，可试用PEG-IFNα-2a与利巴韦林联合疗法。
HCV基因治疗大体可以分为3类：1.基于核酸的基因治疗：如反义DNA和RNA，小干扰RNA(siRNA)和核酶；2.基于蛋白的基因治疗：如显性负蛋白(Transdominantnegativeproteins)和单链抗体，有研究表明单链抗体(scFv)在细胞内表达使NS3解旋酶作用失活；3．免疫治疗：包括基因疫苗和病原特异性淋巴细胞治疗等。Suzuki等报道用腺病毒载体转染干扰素a基因至HCV阳性的肝细胞中能有效的抑制HCV的复制。
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