甘孜藏族自治州是藏医药的发祥地之一，是南派藏医药的故乡，这里孕育出大批藏医药人才，有大量藏医药文献，还有丰富的藏药材资源，在党和政府的关心重视下，使南派藏医药事业得到了空前的发展，二００六年五月被国务院授予“国家级非物质文化遗产”。甘孜州藏医院成立于一九八四年，与甘孜州藏医药研究所实行两块牌子一套人马的体制。目前，甘孜州藏医院是集藏医医疗、教学、科研、制药为一体的全民所有制综合性民族医药公立医院；是全州藏医药业务技术指导中心和四川省藏医药人才培训、实习基地以及州级藏药制剂中心；是甘孜州医疗保险定点医院。目前医院拥有各类藏医药人才七十余名，具有正高专业技术职称三人，副高技术职称八人，中级专业技术职称二十五人；有三人享受国务院政府津贴，有四人荣获四川省首届名中藏医称号，二人荣获甘孜州名中藏医称号，有七人为甘孜州卫生学术技术带头人。医院开设了门诊部、住院部等临床和医技科室二十二个。
医疗工作中，甘孜州藏医院坚持了“突出藏医药特色，发挥藏医药优势，应用现代科学技术，提高综合服务能力，为人民健康服务”的办院宗旨，运用藏医药理论和临床实践治愈了大批的胃肠、肝胆、风湿、类风湿、心脑血管疾病、糖尿病病人和部分经大医院久治不愈的疑难杂症患者，医院全年诊治门诊、住院病人四万五千余人次，受到了广大患者的好评。特别是在医院门诊部和住院部设立了我院最具特色和优势的藏医胃肠疾病专科、肝胆疾病专科、风湿、类风湿病专科、心脑血管疾病专科、康巴藏药蒸、藏药制剂等六个藏医专病专科，医院派出最好的医生在专病专科坐诊，为广大患者提供最优质、高效的服务。
人才培养工作中，与成都中医药大学、甘孜州卫校、美国利众基金会等合作，先后培养出藏医药大中专人才450余名，培训各类藏医药人员500余人次；培养出国家级藏医药学术经验继承人3名，省级藏医药学术经验继承人12名，全省卫生系统学术技术带头人1 人，甘孜州卫生系统学术技术带头人7名
科研工作中，开展了藏医药文献的研究和发掘工作，收集藏医药文献一百余部；制作藏医科研教学用《四部医典系列唐卡画》全套八十幅挂图；为继承和弘扬南派藏医药学，建造了南派藏医药展厅，为南派藏医药代表人物塑像，展示他们的成就和著作；还有藏医器械全套展示。先后发表藏医学术论文一百二十余篇，其中：国际学术会议交流论文十三篇，国家级学术论文七十四篇，省级学术论文四十篇。并承担国家科研课题2项，四川省科研课题4项，甘孜州科研课题5项。研究开发的治疗类风湿疾病的国家中药三类新药（藏药）“然降多吉胶囊”已完成 临床研究，正在争取国家批准文号。开展了藏药“佐塔”中汞及其元素的作用特点和安全性研究，研究结果显示，“佐塔”的安全性好，此项研究开创了藏药“佐塔 ”中所含重金属经炼制后对人体无害科学论证的一代先河，为藏医临床长期使用“佐塔”提供了试验数据和科学依据，此项研究填补了国内空白，获得了四川省人民政府科技进步三等奖。其学术论文在国际、国内大型学术会上交流，并在重要刊物上发表。
制药工作中，利用本地丰富的藏药材资源，按照藏医药理论和藏药生产工艺，研制出名贵藏成药十七种，常用藏成药二百五十余种，作为院内制剂，既保证了医院临床应用，又满足了科研用药。同时，考虑到广大农牧民群众的经济承受能力，医院在院内制剂的价格上向患者做出了很大的让利，为他们提供了低廉而高效的优质藏药。
在上级党委和政府的正确领导下，在省州卫生行政主管部门的关心和支持下，医院全体员工齐心协力、艰苦创业，使医院的各项工作得到较快发展，使甘孜州藏医院达到《四川省藏医院建设标准》创建达标藏医院，先后取得了四川省卫生系统先进集体，四川省中医药管理局科技先进单位，民族地区中藏医药人才培养先进单位，四川省卫生先进单位，甘孜州文明单位等荣誉称号。
